第1集@@外科风云第1集@@一个抢救成功的车祸伤员，却因突发的严重药物过敏死亡，责任归咎于护士张淑梅取错药物，事件疑点重重。张淑梅则因此被迫离开临床岗位……若干年后，曾对迷雾重重的死亡事件持最大怀疑却保持沉默的住院医生
最后，绿色通道还是打开了。作为一名医生，杨帆选择把通道打开接受伤员，他不能看着伤员被挡在门外无法医治，这是一个医生的职责。通道打开后，伤员立即被接进医院内，这其中就包括庄恕的妹妹
为防止气性坏疽的交叉感染，整个医院拧成一股绳，加紧进行隔离和治疗气性坏疽的感染患者。林欢的养父被送进医院内，便立即开始手术。在灾区，林欢养父是陆晨曦救治的，陆晨曦让林欢到仁合后找庄恕，庄恕是这方面最好的大夫。因为林欢的关系，庄恕自然会亲自做这个手术。手术顺利完成，林欢焦急不安的心总算安定了下来。
术后，庄恕细心周到地叮嘱林欢术后的注意事项，还打印了出来，林欢感谢不已。林欢有些不好意思地跟庄恕道歉，在医院门口时她有些着急。庄恕也就不让他们进来这件事道歉，他的本意也不是要阻止他们进来，实在是院内发生了气性坏疽，接诊量持续加大的话，很容易引起交叉感染。林欢也是一位善解人意的姑娘，她觉得做大夫的那么做一定有他们的道理，并未怪庄恕。庄恕便带林欢回病房等她养父，路上他们一直在聊天。庄恕的妹妹从小便走失，庄恕想要多了解她，了解她现在的生活……
救援队这边也在经受着巨大的考验。灾难面前，看着生命不断地逝去，自己却无能为力，这对于医生来说是一个巨大的心理考验。
夜深了，白天争分夺秒的医院总算能喘口气了。庄恕和陆晨曦刚互表心意，便分隔两地，两人趁着休息时间通个电话，互表思念。
庄恕站在林欢养父的病房门口，林欢正在悉心照顾着她的父亲，庄恕就这样看着林欢，小时候的画面又回荡在脑海中，妹妹开心地笑着跳着……
很快天亮了，医院又回到了争分夺秒的战役中。庄恕十分关注林欢和她养父的动态，在交代了其他病人的事情后，便去看望林欢他们。为了让他们能好好休息，庄恕帮忙在医院附近找了个酒店，并主动提出送林欢回家拿东西。
庄恕送林欢到了家里，庄恕看着林欢满墙的照片，追寻着她生活的印记。林欢是一名大提琴演奏家，她的养父母对她很好，从小到大一帆风顺，她觉得自己很幸运。庄恕听说林欢的生活过得挺好，也较欣慰。庄恕看着林欢屋内的照片，想起小时候的种种，现在他找到他的妹妹了，而且林欢生活得很幸福，也算有些安慰。
林欢收拾好了东西，为了表示对庄恕的感谢，林欢送给了庄恕一张她自己的独奏专辑，庄恕很高兴，于他而言，这时最好的礼物。林欢说等她父亲病好了，就请庄恕过来吃饭，她包的饺子很好吃。庄恕想到了他妈妈，他妈妈包饺子也很好吃。但是林欢并不知道庄恕是她哥哥，自然也不知道那也是她的妈妈。庄恕建议林欢把琴带去，林欢担心琴声太大会影响别人休息，在庄恕的劝说下，林欢最终还是把琴带去了。他们两的相处对话十分轻松和谐。临走前，庄恕还顺手拿走了一张林欢的照片。
灾区大雨磅礴，灾后的余难还在上演，因大雨原因，山体再次滑坡，通往外面的路又断了。依然不断有伤员被抬到救援队的账内。有一位伤员伤势严重，需要立即送往医院进行手术。正在这时，方志伟受伤的消息传回账内，救援人员把他送到救援队账内，他浑身是血，伤势严重。这两位伤员都急需手术，需要立即送往医院。但是出去的路完全被堵死了，抢修至少要六到八个小时。陆晨曦看着这两个性命垂危的患者担忧不已，她想要在这里进行手术。这两个患者谁都不可能等到六个小时以后，半个小时、一个小时都等不了，不进行手术就会死。但是这不是手术帐篷，没有麻醉师，没有无菌消毒，一切都充满风险。但是手术是他们唯一的希望。条件紧急，陆晨曦表明她愿意付这个责任，钟主任作为医疗站领导也同意。
两个患者谁都等不了，陆晨曦当机立断表示两个患者的手术一起做。外面依然在下着雨，医疗站内同样紧张地进行着手术。陆晨曦和钟主任交换进行着两人的手术，医疗站没有相应的手术设备，胸外科的陆晨曦对于心外科的手术不是特别了解，在这危急时刻，陆晨曦想起了曾看到的心外科手术的资料，手动做了一个简易的分流管，最终顺利完成了一个患者的手术。
但是方志伟的手术却不是那么顺利，已经修补了所有出血部位、修补气管以后，血压血氧一度好转，现在又开始下降。在不明原因的情况下，陆晨曦只能打电话给庄恕求教。此时，庄恕也正在仁合医院内进行着手术，庄恕听着陆晨曦说的患者的情况……
|| 第28集@@外科风云第28集@@庄恕一边在给手上的患者做手术，一边接听着陆晨曦的电话，思索着方志伟可能存在的问题并指导陆晨曦进行手术……最终庄恕帮助陆晨曦找出了问题并指导解决了问题，手术顺利完成，庄恕进行的手术也顺利完成了。此时，灾区通往外面的路已经修通了，伤者迅速被送往仁合医院。
仁合医院内，长期和杨帆合作的医疗药物公司的医药代表老唐，正在办公室向杨帆推销一种昂贵的医疗仪器，甚至让杨帆动用医院灾后的拨款，被杨帆严词拒绝。杨帆的儿子杨子轩正研究仁合医院的化疗药物的使用情况，并在肿瘤学的杂志上发表了一片论文，明确指出了仁合胸外指导恶性肿瘤患者用药是用这家公司的化疗药最多。这篇文章本身并没有什么，杨帆担心下一篇，下一篇就要研究为什么用他们公司的药了。这家公司的药并不比别人的好，但是比别人家的贵……杨帆害怕被杨子帆查出些什么，不敢冒险。
而此时正在医院当志愿者的杨子轩，趁闲着时抄起了病历，统计病患的情况和密度，并想要拿到药物和杀菌消毒品的数据，以便研究赈灾资金的调配关联，并想以仁合的救灾款为实例。
离开杨帆办公室的老唐正碰到了杨子轩，得知杨帆说的那篇论文就是杨子轩所写，便拉着杨子轩跟他说了医药的事实，说了杨帆买药的事实，说了他留学的奖学金是杨帆一手安排的事实……单纯的杨子轩接触到这些事实震惊不已。
庄恕来到休息室，看到睡着的楚B，便叫醒了她，怕她着凉，让她回宿舍去睡。庄恕问起楚B去漫画公司应聘的事，楚B听到庄恕还记得这件事兴奋不已。楚B跟庄恕说明了情况，并保证以后会专心于做医生，等到了陆晨曦的年龄会和她一样优秀。庄恕听后语重心长的对楚B解释，人的天赋是不同的，在自己有天赋的领域会得到成功，在没有天赋的领域付出同样的努力，则只是很普通。但是楚B依然坚持要做医生，庄恕便安慰她跟自己比，一天比一天好就行，不要跟别人比。楚B想了想，说出了自己的心里话，自己不是要强的人，只是希望在庄恕眼里，有一天能像陆晨曦一样出色。但是庄恕明确指出在他眼里没人可以和陆晨曦一样，虽然她有很多毛病，但对于庄恕而言是独一无二的。
庄恕承认了他和陆晨曦在一起的传言是真的，楚B听后无比失落。楚B误解了庄恕对自己的情感，楚B记得庄恕对自己的好，之前帮助她，鼓励她，在她遇到麻烦的时候尽力在杨帆面前帮她争取，在家属面前帮她解释，帮她找医学论文，送她字典……这些种种难道只是因为自己是进修医生，而他是老师吗？面对楚B的询问，庄恕承认是因为楚B和他妹妹的经历很相似，因为这一点才会有一些额外的关注，但是并没有其他的情感。得知真相的楚B伤心不已，离开了房间。
办公室内，得知真相的杨子轩就那些问题询问杨帆，杨帆并没有正面回答，杨子轩仿佛不认识他的父亲了，这一天发生的事情让他难以置信，原来自己一直坚信的东西都是假的。但他明确表示会继续他的研究。
陆晨曦在灾区急救站手术的那两个患者已经被送到了仁合医院，都还在重症监护室观察治疗。庄恕正和陆晨曦电话谈论此事。这次庄恕站在了陆晨曦这边，不管结果怎么样，他都挺佩服陆晨曦的。
几天的连轴转，让医院内的医生护士疲惫不堪，都趁一点闲暇时间趴在病房休息，手术室外，医生都横七竖八地躺在地上靠在墙上休息，大家都累得接近了极限。但是新患者一来又继续开始工作。不过庆幸的是，之前担心的气性坏疽的感染并未发生，被及时有效地控制住了。
被庄恕拒绝的楚B伤心不已，她认为别人都觉得她是走后门进来的都看不起他，拼命地工作，最后情绪崩溃。杨子轩便把她带到了办公室，让她冷静了下来。她曾想要来仁合镀镀金便回去，后来因为喜欢庄恕才那么努力。庄恕人长得帅又温和，还那么有才华，他会指出楚B的错，耐心地教她，是庄恕让她喜欢上仁合，让她特别想留下……但是她现在对自己充满了怀疑。杨子帆耐心安慰着楚B。
|| 第29集@@外科风云第29集@@庄恕和傅博文正在进行一个艾滋病携带患者的手术，陆晨曦得知消息向陈绍聪询问情况。陆晨曦指责他们急诊收了怎么不转走，上次医院收了一个艾滋病携带患者，重症监护室让三十多个病人家属给堵了，陆晨曦担心这次会出现相同情况。但是传染病院都满员了，确实没办法转院，而且患者的手术他们也做不了。|| 第30集@@外科风云第30集@@庄恕和林欢发生矛盾。此时，林欢的养父林浩突然情况危急，庄恕赶往病房进行抢救。医疗队这边很快就能回嘉林了，钟主任说等回去要给陆晨曦补过生日，但是陆晨曦他们家的传统就是不过生日，因为陆晨曦的爸爸就在她生日那天去世了。钟主任听后神情复杂，陆晨曦倒是表现得很轻松。回仁合医院后也空闲不下来。|| 第31集@@外科风云第31集@@庄恕从病例分析出感染的病人都使用过导尿管，因此提出对这一批次的导尿管进行检查，扬帆担心的事终于发生了。他三言两语打发了庄恕，但也知道庄恕不会轻易罢休。扬子轩向陈绍聪求证，仁合医院大量使用先锋公司生产的昂贵的化疗药，是不是扬帆做的主。陈绍聪避而不谈，扬子轩锲而不舍。|| 第32集@@外科风云第32集@@钟西北的死让陆晨曦觉得生命无常，更加依赖庄恕，并且有了想结婚的念头。庄恕陪着陆晨曦看她睡着，又接到消息去抢救林皓，但是林皓的身体早已撑不过去了，终于还是没有抢救过来。绝望的林欢极度痛苦，哭喊着捶打庄恕，要让他为林皓的死负责。陆晨曦看到这一幕，过来安慰失魂落魄的庄恕。庄恕将林欢和自己的身世全都告诉了陆晨曦，陆晨曦震惊了。|| 第33集@@外科风云第33集@@庄恕主持的陆母的手术紧张进行中，陆晨曦强忍悲痛走进手术室，却难忍泪水连连；手术室外，前来寻找妻子的陆父得知情形，自责不已。时间分秒必争，用于给陆母输血的血液最终及时送达，手术顺利完成，然而原本术后半小时应该清醒过来的陆母却迟迟没有醒来。为了保护庄恕，陆晨曦坚称母亲的手术方案的决定和执行，自己是唯一的责任人，遭到庄恕反对。是夜，陆晨曦偷偷在办公室完善母亲手术记录，庄恕撕掉了陆晨曦的病历记录，对她说自己最恨就是在医疗记录上弄虚作假，但陆晨曦以病人家属的身份要求庄恕不再担任母亲的主管大夫，陆晨曦狠心说在这件事上，她不需要庄恕，二人不欢而散，均陷入情绪的低谷。|| 第34集@@外科风云第34集@@陈绍聪给患者缝合伤口时不慎割破手指，杨羽心急不已叮嘱包扎，陈绍聪却提出自己配不上杨羽，两人不如分手。杨羽却告诉陈绍聪，不谈恋爱，直接跟着她领证，陈绍聪还在说着分手，杨羽一巴掌打醒陈绍聪，两人火速结婚。陆母持续昏迷，陆父向晨曦表示自己不会放弃她的母亲。林欢着手对仁和医院和庄恕提出诉讼。陈绍聪的移动初诊平台初步建成，兴致勃勃向马主任展示，马主任则觉得这是年轻人的脑热想法，并非正途，然而陈绍聪却信心满满。|| 第35集@@外科风云第35集@@傅博文来到修敏齐家探望，将小斌也就是庄恕回国的消息告知了修敏齐，寄希望修敏齐和他一起挽回30年前造成的过失，给庄恕一个交待，却遭到了修敏齐的漠视和讥讽。傅博文无奈离开，却在修敏齐家门口碰到前来的扬帆。修敏齐听完扬帆对救灾工作的总结，无意却有心的问到大肠杆菌新亚型感染的事情，进而质问扬帆先锋公司器材的占比，扬帆虚汗直流，希望修敏齐替自己说句话，修敏齐突然质问他是否认识张淑梅的儿子小斌。北京实验室致电庄恕，确实发现了大肠杆菌新亚型，庄恕不禁感慨。|| 第36集@@外科风云第36集@@陈绍聪将新生儿收到急诊，与杨羽一起，在无医嘱、无授权的情况下火速急救，并叫来陆晨曦进行插管，终于合力就回了新生儿。张晓涵愧疚而担忧地守在门口，看到孩子抢救成功，泪水连连。杨羽告诉陈绍聪自己怀孕了，本来想打掉，但是当看到陈绍聪抱着弃婴跑来的身影，觉得陈绍聪会是个好父亲，没舍得打掉。杨羽担忧两人留下孩子无法面对今后生活，陈绍聪终于向杨羽坦诚了自己优渥的家世，杨羽惊讶不已。杨子轩论文再次受阻，陈绍聪主动请缨帮助他。扬帆向姜总提出减少先锋器材的各类产品使用量，姜总不以为然，扬帆提及杨子轩的论文涉及的相关仁合使用先锋公司器材的数据，姜总恍然大悟。|| 第37集@@外科风云第37集@@傅博文向庄恕坦陈了30年前的真相，也坦白当年自己存留取药单，是为了如果哪日修敏齐对自己不利，可以有把柄挟持。傅博文郑重向庄恕和张淑梅道歉，然而表示自己也不能做得更多。庄恕表示自己无法接受道歉，母亲的事情他一定会追究到底。在陆父的追问下，陆晨曦承认自己已经和庄恕分手，陆父苦口婆心劝说，希望不要因为陆晨曦母亲的救治影响庄恕的工作。陆晨曦答应父亲去找傅博文谈一下此事，来到疗养院，却发现傅博文倒在房间里。陆晨曦查看发现傅博文给自己注射了致死量的氯化钾，紧急展开救治。抢救过后傅博文苏醒，陆晨曦质问他为何想不开，傅博文向陆晨曦交待了30年前的过往。陆晨曦驱车赶回家，发现庄恕正准备搬走，还事无巨细的进行交待，十分懊恼的抽了庄恕一嘴巴，坦言自己知道了所有真相，为何隐瞒这么久。庄恕直言自己发现爱上了陆晨曦，不想让她两难，两人牵手冰释前嫌。庄恕来到医院，发现自己的工作已被暂停。楚B接诊了一位情绪极端的病人赵静，厌世又焦躁，总是无端端的哭泣。陆晨曦发现患者有高血压，察觉是其服用的降压药引起了抑郁。|| 第38集@@外科风云第38集@@陆晨曦新接待的病人有个悍妻，她不由联想到自己会不会也有这种悍妻的倾向。陆晨曦肯定了楚B的表现，庄恕欣慰于两人的改变。陆晨曦觉得悍妻丈夫病得蹊跷，庄恕主动请缨协助陆晨曦治疗，发现悍妻竟然对丈夫家庭暴力，但也因此发现了这对“麻辣”夫妻之间的真情，令二人深有所感。|| 第39集@@外科风云第39集@@陆晨曦特意陪庄恕放松打篮球，两人谈起陆母的病情，虽然有苏醒征兆但前景仍难测，陆晨曦请求庄恕在她妈妈醒来后找机会将当年真相告知她。两人聊起对当年事情的看法，陆晨曦这才得知当年是扬帆救了病重的庄恕，并位年幼的庄恕找到一个家。|| 第40集@@外科风云第40集@@林欢要向仁合医院要求赔偿和道歉，但是调解结果林欢不认同，她准备向法院提起诉讼。林欢的律师拿出了扬子轩跟一名患者家属发生冲突的现场照片给扬帆看，准备把两件事联系起来做文章。林欢表明她并不认同这种做法，她要求的只是仁合医院的道歉。|| 第41集@@外科风云第41集@@庄恕将林皓入院以来所接受的所有诊治和为何会受到感染一一详细的对林欢进行了讲解；医院里，陆晨曦再为姜大爷进行紧张的手术。林欢始终不能接受父亲为何会因感染死亡，庄恕无奈之下讲述了30年前母亲遭受的过往，但仍然没有将自己的真实身份告诉林欢，林欢养母认出了庄恕，表示自己会劝说林欢放弃起诉医院。|| 第42集@@外科风云第42集@@陈绍聪和杨羽的婚礼热闹进行，而庄恕也确认后天就会离开医院。陆晨曦对陈绍聪坦言，庄恕母亲的事情得不到公正，她和庄恕的关系就无法向前。修敏齐突然不请自来出现在婚礼现场，找到傅博文与扬帆，要求庄恕为自己肺动脉高压已到末终阶段，需要心肺联合移植的女儿彤彤亲自手术。庄恕强忍情绪，表示要先确认能及时得到供体，自己会慎重考虑。傅博文找到修敏齐，劝说他亲自去找庄恕，并承认自己当年的过失，修敏齐完全不予理会。|| 第43集@@外科风云第43集@@彤彤出现呼吸衰竭，手术迫在眉睫，陆晨曦看到修敏齐的焦急难过，找到庄恕，希望他能够秉承自己医生的理念，完成这台手术，却遭到庄恕的拒绝，只得与傅博文一起尽力尝试。庄恕反复思量，终于在关键时刻赶回仁合，为修敏齐的女儿做了移植手术，但母亲的冤情无法洗雪，庄恕内心承受了极大的心理负担，黯然离开。陆晨曦在仁合泥石流救灾表彰大会上，当众披露了30年前这桩陈年旧案的真相，并拿出了钟西北临终前留下的证词，而傅博文也在此时鼓足勇气站出来，表示当年的证据并非全部在封存的档案里，真正的取药单并没有被销毁。|| 第44集@@外科风云第44集@@嘉林市爆发大规模耐药性重型肺炎，多数患者入院后很快死亡，扬子轩和杨羽不幸被感染。医院以城市爆发烈性传染病事件来定制医疗方案，隔离传染病室。危急时刻，庄恕发来了菌株的特点和治疗方案，并重振精神从美国赶回中国，与陆晨曦等人一道参与救治工作。修敏齐带救援队进入重污染区，因感染去世。陆晨曦告诉庄恕灾情爆发前，医院已经重新开始审理当年的事故，修敏齐当时已经承认了自己的过失，还原了当年事故的真相。